Mejor que el original: Un nuevo servicio basado en SQL permite descargar cubos de datos de sucesos

GBIF ha habilitado un servicio sencillo y fácil de usar para crear y descargar cubos de ocurrencia de especies basados en datos mediados por GBIF. El servicio permite a los usuarios seleccionar sus dimensiones geográficas, temporales y taxonómicas de interés para generar informes personalizados que resuman las ocurrencias en un formato adecuado para su uso en modelos e indicadores de biodiversidad. Su implementación forma parte del Paquete de Trabajo 2 para B-Cubed (Biodiversity Building Blocks for Policy), dirigido por el Instituto de Investigación para la Naturaleza y los Bosques (RIOC).

El nuevo servicio de cubos de datos estandariza el acceso a los datos de biodiversidad para producir Variables Esenciales de Biodiversidad (EBVs) así como flujos de trabajo de indicadores y modelos para el cambio climático y de uso del suelo creados por socios de B-Cubed. Los estudios de casos específicos pondrán a prueba la capacidad de los flujos de trabajo de indicadores para captar aspectos relevantes del cambio de la biodiversidad en función de diferentes objetivos políticos.

Al proporcionar medidas de la presencia de especies a través de dimensiones y resoluciones definidas por el usuario, los cubos amplían significativamente la usabilidad de los datos mediados por GBIF. La posibilidad de que los usuarios definan las dimensiones de la biodiversidad en el tiempo, el espacio y los taxones y obtengan recuentos de presencia de especies con esas resoluciones mejorará la integración con otras fuentes de datos.

Por ejemplo, la presencia de especies desempeña un papel importante en la calibración y validación de modelos de biodiversidad derivados de imágenes por satélite, pero hasta la fecha las diferencias de resolución temporal y espacial han exigido un tratamiento considerable de los datos. Al ajustarse mejor a la escala y la resolución, los cubos de datos pueden ayudar a los usuarios a construir modelos más sólidos de distribución de especies y cambios en la biodiversidad de forma más eficiente, así como a mejorar las líneas de base de la biodiversidad y hacer un seguimiento de los cambios a lo largo del tiempo.

Antecedentes técnicos

Un cubo de presencia es un archivo csv separado por tabuladores que contiene medidas de presencia de especies (por ejemplo, un recuento) resumidas por dimensiones taxonómicas, temporales y/o espaciales (por ejemplo, un año determinado, un rango taxonómico específico, etc.). Un ejemplo sencillo podría ser un cubo que resuma los registros de las especies de lagomorfos europeos por año, una consulta para la que el cubo producido reduce más de 1,5 millones de ocurrencias en un resumen de 23 KB de poco más de 1.000 líneas, cada una de las cuales representa el recuento de una especie determinada en un año determinado, por ejemplo.

Al igual que con otros formatos de descarga de ocurrencias de GBIF, a todas las consultas exitosas se les asignan DOIs únicos y permanentes para permitir la citación FAIR que permite la atribución de crédito a los editores de datos y ayuda a la reproducibilidad de los análisis posteriores.

Basado en una extensión de la API de descarga de ocurrencias de GBIF que permite realizar consultas escritas en Structured Query Language (SQL), se puede acceder al servicio de descarga de cubos dentro de la interfaz de GBIF.org, donde los usuarios seleccionan los datos de enfoque utilizando los filtros habituales de taxonomía, geografía y fechas, entre otros. Al seleccionar Cube como formato de descarga deseado, el usuario dispone de parámetros para definir las dimensiones taxonómicas, temporales y espaciales del cubo. Antes de iniciar la descarga, el usuario también puede inspeccionar con la consulta SQL que construye el cubo, lo que permite a los usuarios avanzados personalizar aún más la solicitud.