Occurrence dataset Registered March 04, 2015
Herbario virtual bosques secos de Colombia - Sección herbario ICESI
Description
Este conjunto de datos contiene los registros biológicos y medidas de rasgos funcionales asociados a las imágenes digitales de alta resolución de los ejemplares del herbario virtual bosques secos de Colombia. Este ecosistema se caracteriza por presentar una fuerte estacionalidad de lluvias y un período de tres a ocho meses de sequía. Se encuentra en las zonas bajas de la costa Caribe, los valles interandinos de los ríos Cauca y Magdalena, la región del Chicamocha en Santander y Norte de Santander, el cañón del río Patía en los departamentos de Cauca y Nariño, y los Llanos.Se presentan 2000 registros de bosque seco del herbario ICESI, los cuales fueron seleccionados con base al sitio de colecta; sólo los registros que provenían de localidades donde hay bosque seco fueron incluidos. Éstos fueron ubicados en la colección, codificados, sistematizados y digitalizados con el fin de publicar las imágenes en el recurso virtual "Herbario virtual Bosques Secos de Colombia" en Flickr. Cada registro tiene una dirección electrónica que permite acceder a la imagen del ejemplar en alta resolución.
Purpose
El proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia”, financiado por la fundación JRS biodiversity (http://www.jrsbdf.org/v3/home.asp), tiene como objetivo digitalizar el material de herbario de bosque seco. El propósito de este proyecto es poner a disposición de todos la información sobre las especies vegetales de bosque seco y sus rasgos funcionales para promover la investigación y conservación de este ecosistema en Colombia.
Geographic scope
- Description
El conjunto de datos contiene información de los ejemplares botánicos de bosque seco tropical de Colombia, con énfasis es localidades del Caribe Colombiano, los valles geográficos de los ríos Magdalena, el valle del cañón del río Patía. Abarca los departamentos de Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Boyacá, Caldas, Caquetá, Cauca, Cesar, Cundinamarca, Huila, Nariño, Putumayo, Quindio, Risaralda, Santander, Tolima y Valle del Cauca.
- Latitude
- From -0.95 to 13.34
- Longitude
- From -81.384 to -73.11
Temporal scope
- range
- October 01, 1992 - November 30, 2014
Taxonomic scope
- Description
Por medio de la búsqueda de especímenes pertenecientes a Bosque Seco Tropical de Colombia, depositados en el herbario ICESI, de la Universidad ICESI, se consolidaron 2000 registros de ejemplares botánicos correspondientes a 154 familias, 607 géneros y 1077 especies. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies y las actualizaciones nomenclaturales se realizaron con base en los datos proporcionados en los recursos The Plant List (http://www.theplantlist.org/), Tropicos (http://www.tropicos.org/) y IPNI (http://www.ipni.org/)
- Coverage
- AnacardiaceaeAmaranthaceaeAcanthaceaeAchariaceaeAchatocarpaceae
Methodology
- Sampling
Los datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco tropical del herbario ICESI que fueron digitalizados y publicados en el recurso electrónico "Herbario ICESI" y compartidos en el "Herbario virtual Bosques Secos de Colombia", a través de FlickR. Los exicados fueron seleccionados por la localidad en la que fueron colectados (la cual debe pertenecer a bosque seco tropical). Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y fueron extraídos de la misma para transportarlos al laboratorio de fotografía.
- Study extent
Ejemplares de bosque seco del herbario ICESI de la Universidad ICESI, ubicado en ciudad de Cali (Valle del Cauca).
- Quality control
En cada una de las actividades desarrolladas durante la digitalización de especímenes de herbario se realiza control de calidad.
El control de calidad usualmente se efectúa mediante la selección y el examen de las imágenes en intervalos regulares, las imágenes seleccionas son evaluadas en el enfoque, la exposición correcta, manchas, desajustes entre los nombres de los archivos, valor del código de barras o numero de identificación y otros signos evidentes de error al inspeccionar. Este control se realiza de la siguiente manera:
Se realiza el curado y actualización nomenclatural de los ejemplares seleccionados para la digitalización mediante el uso de bases de datos virtuales como The Plant List, trópicos, El catálogo de la vida, IPNI, entre otrosEl control de calidad de las imágenes se realiza en un solo espacio y un solo computador con dos monitores, preferiblemente calibrados, para asegurar una visualización óptima. Este control debe llevarse a cabo aproximadamente cada 20 imágenes.Los archivos de imagen son visualizados utilizando el software de edición de imágenes de la cámara (Digital Photo Professional).Las imágenes se magnifican a 100% para verificar que contengan todos los elementos necesarios (reglilla, tarjeta de color, etiqueta completa), la calidad requerida, confirmar el enfoque, la exposición correcta, manchas o rayas, desajustes entre los nombres de los archivos y valor del código de barras del espécimen.Ajuste de vocabularios controlados en:Elementos geográficos: country, stateProvince y county;
- Method steps
La digitalización de especímenes se refiere a la captura fotográfica y el registro de información de especímenes o colecciones. Típicamente los especímenes incluyen etiquetas y notas de campo que contienen información sobre el evento de colecta (Ejemplo: Nombre del colector, fechas, localidad, etc.) determinaciones taxonómicas y números de catálogo o identificadores. La digitalización de la información de las etiquetas incluye captura del texto como caracteres, y almacenamiento de esta información en bases de datos, igualmente la digitalización también incluye la captura de imágenes digitales.
El proceso de digitalización incluye las siguientes tareas:
Curado y pre-digitalización
Captura de imágenes (fotografía de especímenes y etiquetas)
Procesamiento de las imágenes
Captura electrónica de los datos
CURADO Y PRE-DIGITALIZACIÓN
Constituye el primer paso en la digitalización de especímenes y brinda la oportunidad de realizar las siguientes actividades:
-Inspeccionar y restaurar los especímenes dañados y evaluar la salud de la colección.-Tratar las pestes.-Descubrir especímenes perdidos pertenecientes a otras instituciones o tipos no conocidos en la colección.-Actualizar las determinaciones taxonómicas.-Reorganizar los contenidos de los gabinetes o compactadores.-Seleccionar los ejemplares para la digitalización.-Adjuntar un identificador único (código de barras) a cada espécimen.
CAPTURA DE IMÁGENES (fotografía de especímenes y etiquetas)La captura de imágenes consiste en fotografiar los ejemplares codificados previamente y descargar las imágenes en el computador destinado para la edición y marcaje. Durante el proceso de fotografía de una familia se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. A continuación se explican los pasos y se dan las instrucciones necesarias para el proceso de Captura de imagen.La captura de imágenes generalmente requiere:
-Pre-configuración e iniciación de los equipos.-Organización de los especímenes que serán fotografiados.-Toma de la imagen.-Descarga y almacenamiento de la imagen.-Captura del código de barras.-Mover el espécimen a una nueva estación o incluirlo nuevamente en la colección.
PROCESAMIENTO DE LAS IMÁGENESEl procesamiento de las imágenes incluye todas las tareas o grupo de tareas desarrolladas sobre una imagen, seis tareas son las más comunes:
Control de calidad.Procesamiento de la imagen.Conversión de archivos.Copia de Seguridad.Durante el procesamiento de la imagen se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. Para este proceso se parte de la fotografía descargada en rutas preestablecidas.
CAPTURA ELECTRÓNICA DE LOS DATOSLa captura electrónica de datos involucra la extracción de datos de las etiquetas y la digitalización de estos datos en una base de datos electrónica. Según este protocolo la captura de datos debe ser después de la captura de la imagen. En las colecciones donde una gran cantidad especímenes son fotografiados, los datos son tomados directamente de las imágenes, reduciendo las posibilidades de daño en los múltiples viajes de los especímenes.
Existen muchas formas de capturar la información de las etiquetas de herbario, pero la más común es mediante la digitalización directa en una plantilla estándar, como las ofrecidas por el formato Darwin Core. En nuestro proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia” trabajaremos con las plantillas DwC para la documentación de registros biológicos. Esta plantilla se encuentra adjunta a este documento. El estándar Darwin Core (Versión 2011-10-26) está conformado por 175 elementos, de los cuáles solo cinco son obligatorios (ID del registro biológico, base del registro, código de la institución, código de la colección, número de catálogo). Nosotros trabajaremos con elementos comunes y elementos de extensión que incluirán información sobre las imágenes y los rasgos funcionales tomados de los especímenes de herbario.
Metrics
Additional info
Bibliography
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- March 04, 2015
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- June 22, 2023
- Publication date
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